Проблема старого сайта была в том, что он работал на CMS Joomla 1.5, когда уже существовала Joomla 3. Соответственно все уязвимости старой платформы были уже широко известны и поэтому на сайт вламывались все кому не лень примерно раз в неделю.
Построить какую-либо защиту было просто невозможно, необходимость полностью переделывать сайт была просто очевидна.
Я вручную (хитрыми MySQL запросами) вытащил всё текстовое содержимое и картинки со старого сайта на Joomla и залил его в MODX на совершенно другом хостинге, в моём блоге есть статья, как я это сделал. Все остальные файлы были уничтожены вместе со старым аккаунтом хостинга, пришлось проверять все до единого файлы картинок, чтобы в них были правда записаны только картинки. Потому что вероятность притащить со старого заражённого сайта какой-нибудь шелл была слишком высока.
После того как всё текстовое содержимое сайта было спасено, и сохранена структура, а это важно чтобы сохранить позиции в поисковиках, занялись дизайном. Дизайн новой версии сайта определял Стас Новицкий — дизайнер работающий в штате этого медицинского центра.
Но в общем и целом, считаю, что мы сделали конфетку из старого сайта.
Также я использовал в качестве эксперимента скрытое меню на сайте, которое можно открыть, просто подвинув любую текстовую страницу сайта в сторону. Можете попробовать сами: baltgaz-med.ru.